新北市萬金石馬拉松最先起源於 1979 年 3 月 18 日的金山馬拉松，當時僅有 364 個人參與，路線由金山青年活動中心出發，一路跑至白沙灣海水浴場後折返。當時儘管馬拉松菁英陳長明、郭宗智以及黃文成等人屢創佳績，但礙於交通管制不易以及天氣因素，在 1984 年舉辦至第七屆後決定宣布停辦。

直到 2001 年時，睽違了 17 年在當時的臺北縣路跑協會的促成下再次復辦，並於 2003 年由臺北縣政府（今：新北市政府）接管主辦權，並將其命名為「北縣金石國際馬拉松」。

在 2010 年時，隨著賽道路線擴展至「萬里」，遂正式將其定名為「萬金石馬拉松」。在四年後的 2014 年，它成為了全台第一個拿下國際銅標籤的賽事，並且在 2019 年升級成銀標籤，在 2023 年時更成為臺灣第一場國際金標籤賽事。

目前男子賽道紀錄是由肯亞的 Mathew Kipsaat 於2019 年以 02:11:17 創下，女子紀錄同樣由來自肯亞的 Naomi Jepkogei Maiyo 於同年以 02:34:08 寫下。