經過兩日激戰，東洋大學延續首日的絕佳表現，重新奪回箱根?伝冠軍，並創下去程、回程和全程的新紀錄，登上日本馬拉松接力頂峰。
次 (01/03) 日回程，東洋大學從首棒 (第6棒) 開始便一路領先他校，奪得各區間第一，其中第7棒二年級的設?悠太更以1:02:32破區間紀錄。在全隊優秀的表現下，東洋大學全程217.9公里跑出新高10:51:36的成績，將舊紀錄推進8分15秒，平均每人的速度為2:59.4min/km。
早稻田大學、駒澤大學和明治大學三校速度相近，為第二領先集團，前3棒互不相讓，直到第9棒駒澤大學的窪田忍加速衝出，逐漸拉開距離，以1分鐘之差領先早稻田過中繼點，然後由第10棒後藤田健介接手，將差距拉至2分鐘，維持住第二名衝線，成績11:00:38。
原本在第九區間時，明治大學已落後駒澤、早稻田兩校一段距離，但換手第10棒鎧?哲哉後，便直追早稻田，且與之纏鬥到最後，逆轉提早20秒衝線，總成績11:02:50，與東洋大學相差11分14秒獲第三。上屆冠軍早稻田大學此次僅獲第四，總成績11:03:10。
2012箱根?伝總成績
| 名次 | 學校 | 時間 | 備註 |
| 1 | 東洋大學 | 10:51:36 | 破場地紀錄 |
| 2 | 駒澤大學 | 11:00:38 | |
| 3 | 明治大學 | 11:02:50 | |
| 4 | 早稻田大學 | 11:03:10 | 去年冠軍 |
| 5 | 青山學院大學 | 11:08:46 | |
| 6 | 城西大學 | 11:10:17 | |
| 7 | 順天堂大學 | 11:11:15 | |
| 8 | 中央大學 | 11:11:17 | |
| 9 | 山梨學院大學 | 11:12:38 | |
| 10 | 國學院大學 | 11:13:42 | |
| 11 | 國士館大學 | 11:16:47 | |
| 12 | 東海大學 | 11:17:14 | |
| 13 | 帝京大學 | 11:18:58 | |
| 14 | 拓殖大學 | 11:20:21 | |
| 15 | 神奈川大學 | 11:20:22 | |
| 16 | 上武大學 | 11:20:43 | |
| 17 | 關東學聯選拔 | 11:21:36 | |
| 18 | 中央學院大學 | 11:21:41 | |
| 19 | 日本體育大學 | 11:22:26 | |
| 20 | 東京農業大學 | 11:44:16 |
資料來源：官方網站、Japan Running News
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